Después de unirse a la resistencia contra el bakufu, Gintoki y la pandilla están escondidos, junto con Katsura y sus rebeldes Joui. Nobume Imai y dos miembros del Kiheitai se acercan a los Yorozuya, quienes explican que los piratas de Harusame se han vuelto contra el Capitán Kamui de la 7a División y su antiguo aliado Takasugi. Los Kiheitai le dan un trabajo a Gintoki: encuentra a Takasugi, quien ha estado desaparecido desde que su barco fue emboscado en una redada en Harusame. Nobume también hace una revelación asombrosa con respecto a Tendoushuu, una organización secreta que tira de las cuerdas de numerosas facciones, y su líder Utsuro, la figura sombría con un extraño parecido con el antiguo maestro de Gintoki.
Enganchando a la nave espacial de Sakamoto, Yorozuya y Katsura se dirigieron a Rakuyou, el planeta natal de Kagura, donde se reunieron varias facciones y se están gestando tensiones. Los rencores prolongados, las luchas internas y el siniestro plan general de Tendoushuu finalmente culminan en una batalla masiva y decisiva en Rakuyou.
