"Para que algo sea obtenido, algo de igual valor debe ser perdido."
La Alquimia está ligada por esta Ley de Intercambio Equivalente -algo que los hermanos jóvenes Edward y Alphonse Elric sólo se dan cuenta después de intentar la transmutación humana: el único acto prohibido de la Alquimia. Ellos pagan un precio terrible por su transgresión: Edward pierde su pierna izquierda, Alfonso su cuerpo físico. Es sólo por el sacrificio desesperado del brazo derecho de Eduardo que él es capaz de fijar el alma de Alfonso a un traje de armadura. Desolados y solos, es la esperanza de que ambos regresen a sus cuerpos originales lo que le da a Edward la inspiración para obtener ramas metálicas llamadas "automail" y convertirse en un alquimista de estado, el Alquimista Fullmetal.
Tres años de búsqueda más tarde, los hermanos buscan la Piedra Filosofal, una reliquia mítica que permite a un alquimista superar la Ley de Intercambio Equivalente. Incluso con aliados militares como el coronel Roy Mustang, la teniente Riza Hawkeye y el teniente coronel Maes Hughes de su lado, los hermanos se encuentran atrapados en una conspiración nacional que los lleva no sólo a la verdadera naturaleza de la escurridiza Piedra Filosofal, sino también a la turbia historia de su país. Entre encontrar a un asesino en serie y correr contra el tiempo, Edward y Alphonse deben preguntarse si lo que están haciendo los hará humanos de nuevo… o les quitará su humanidad.
